Un arrêt maladie tombe rarement au bon moment, et la première inquiétude porte sur la paie du mois suivant. Le maintien de salaire pendant un arrêt maladie ne se résume jamais à un versement unique : deux payeurs interviennent, à des dates différentes, avec deux calculs distincts. La Sécurité sociale prend en charge la moitié d’un salaire plafonné. L’employeur complète, sous conditions et pour une durée limitée. Savoir qui verse quoi permet d’anticiper le creux de trésorerie plutôt que de le découvrir en calculant son salaire net à la fin du mois.
La Sécurité sociale ne couvre que la moitié de votre salaire brut
Le premier versement vient de l’assurance maladie et porte un nom précis : les indemnités journalières de Sécurité sociale, ou IJSS dans le vocabulaire de la paie. Leur calcul ignore votre situation individuelle. Ni ancienneté, ni statut cadre, ni prime d’objectifs n’entrent dans la formule appliquée par la Caisse primaire d’assurance maladie, ou par la Mutualité sociale agricole si vous relevez du régime agricole.
La mécanique est la même pour tout le monde. On additionne les salaires bruts des trois mois qui précèdent l’arrêt maladie, on divise par 91,25 pour obtenir le salaire journalier de base, et l’indemnité correspond à 50 % de ce résultat. Pour un salaire mensuel de 2 000 € bruts, cela donne un peu moins de 33 € par jour, week-ends compris.
Les conditions qui ouvrent le droit aux indemnités journalières
Le droit n’a rien d’automatique. Pour les six premiers mois d’arrêt maladie, il faut avoir travaillé au moins 150 heures sur les trois mois civils précédents, ou avoir cotisé sur une rémunération égale à 1 015 fois le Smic horaire au cours des six mois antérieurs. Ces seuils valent à temps complet comme à temps partiel, selon Service Public.
Au-delà de six mois d’arrêt maladie, la barre monte : douze mois d’affiliation et 600 heures travaillées sur l’année écoulée, ou une rémunération cotisée d’au moins 2 030 fois le Smic horaire. Un salarié aux horaires très réduits peut donc voir son indemnisation s’arrêter net alors que son contrat court toujours. Les arrêts liés à une affection de longue durée, l’ALD, échappent à cette logique : les indemnités peuvent y être versées pendant trois ans.
Le plafond qui rogne les salaires supérieurs à 1,4 Smic
Voilà le paramètre que la plupart des salariés découvrent en lisant leur relevé. Le salaire brut retenu pour le calcul ne peut pas dépasser 1,4 fois le Smic mensuel en vigueur le dernier mois avant l’arrêt maladie, soit 2 613,82 €. Au-dessus, la caisse raisonne comme si vous gagniez exactement ce plafond, et l’indemnité journalière bute sur un maximum de 42,97 € bruts.
Ce plafond a été abaissé il y a peu : il valait auparavant 1,8 fois le Smic. Un cadre rémunéré 4 000 € bruts touche donc la même indemnité qu’un salarié payé 2 613 €. C’est précisément cet écart que le complément employeur vient combler, quand il existe.
| Paramètre | Règle appliquée par la Sécurité sociale |
|---|---|
| Taux de l’indemnité journalière | 50 % du salaire journalier de base |
| Salaire mensuel brut retenu | Plafonné à 1,4 fois le Smic, soit 2 613,82 € |
| Montant maximum par jour | 42,97 € bruts |
| Délai de carence | 3 jours, à chaque nouvel arrêt |
| Périodicité de versement | Tous les 14 jours |
| Durée maximale, cas général | 12 mois par période de 3 ans |
Le maintien de salaire pendant un arrêt maladie commence au 8e jour
L’obligation de l’employeur ne naît pas au premier jour d’absence. Le Code du travail impose un carence de sept jours pour chaque arrêt maladie : le versement de l’indemnité complémentaire démarre au huitième jour, sauf accord collectif plus favorable. Un arrêt maladie de cinq jours ne déclenche donc aucun complément, même chez un salarié présent depuis quinze ans dans l’entreprise.
Trois conditions se cumulent pour y avoir droit. Il faut un an d’ancienneté au moins, appréciée au premier jour d’absence et non à la date de l’examen du dossier. Il faut relever d’un régime ouvrant droit aux indemnités journalières. Il faut enfin avoir transmis le certificat médical à l’employeur dans les 48 heures, délai qui court dès la prescription et que beaucoup laissent filer en pensant que l’envoi à la caisse suffit.
Cette première année d’ancienneté exclut mécaniquement les nouveaux embauchés. Un salarié arrêté au bout de dix mois de contrat ne perçoit que les indemnités journalières, sans aucun complément, à moins que sa branche n’ait supprimé la condition.
Le complément se calcule après déduction des IJSS. L’employeur ne verse pas 90 % du salaire en plus des indemnités journalières : il verse la différence entre ce pourcentage et ce que la caisse a déjà attribué. Cette nuance explique la majorité des incompréhensions à la réception du bulletin. En cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle, les règles diffèrent et la carence disparaît.
Votre ancienneté fixe la durée du complément, pas son taux
Le taux ne bouge pas avec les années passées dans l’entreprise : c’est toujours 90 % du brut, puis 66,66 %. Ce qui s’allonge, c’est la durée d’indemnisation. Un salarié de trois ans d’ancienneté est couvert 60 jours ; un salarié de 32 ans d’ancienneté l’est trois fois plus longtemps, soit 180 jours.
Le barème légal, de 60 à 180 jours
Le barème du Code du travail progresse par tranches de cinq ans, et chaque tranche se coupe en deux moitiés égales : la première moitié à 90 %, la seconde à 66,66 %. Le décompte s’apprécie par arrêt maladie, ce qui rend le régime nettement moins protecteur pour les arrêts répétés que pour un arrêt maladie long et unique.
| Ancienneté dans l’entreprise | Durée maximale de versement | Répartition des taux |
|---|---|---|
| De 1 à 5 ans | 60 jours | 30 jours à 90 % puis 30 jours à 66,66 % |
| De 6 à 10 ans | 80 jours | 40 jours à 90 % puis 40 jours à 66,66 % |
| De 11 à 15 ans | 100 jours | 50 jours à 90 % puis 50 jours à 66,66 % |
| De 16 à 20 ans | 120 jours | 60 jours à 90 % puis 60 jours à 66,66 % |
| De 21 à 25 ans | 140 jours | 70 jours à 90 % puis 70 jours à 66,66 % |
| De 26 à 30 ans | 160 jours | 80 jours à 90 % puis 80 jours à 66,66 % |
| 31 ans et plus | 180 jours | 90 jours à 90 % puis 90 jours à 66,66 % |
Quand la convention collective prend le relais
Le barème légal n’est qu’un plancher. Votre convention collective peut allonger la durée, relever les taux, réduire la carence ou abaisser la condition d’ancienneté, et c’est le texte le plus favorable qui s’applique. La restauration de collectivités en donne une bonne illustration : pour une ancienneté comprise entre un et deux ans, elle prévoit 90 % du brut du huitième au 37e jour, 66 % du 38e au 67e, puis 60 % jusqu’au 183e jour.
La même branche ramène l’ancienneté requise à sept mois en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle. Le Code du travail numérique permet de vérifier le régime applicable branche par branche, ce qui évite de raisonner sur le seul texte légal : entre 60 jours couverts et 183, l’écart se chiffre en milliers d’euros.
Pourquoi 90 % du brut n’arrivent jamais entiers sur le compte
Lire « 90 % du salaire maintenu » laisse attendre une paie presque intacte. Le compte n’y est jamais tout à fait, et trois mécanismes expliquent cet écart de traitement, sans qu’aucun ne relève d’une erreur de l’employeur.
Les indemnités journalières se déduisent du complément
Le complément est une indemnité différentielle. Sur un brut mensuel de 2 500 €, un maintien à 90 % représente 2 250 € ; si la Sécurité sociale a versé 1 200 € d’IJSS sur la période, l’employeur ne complète que la différence. Le total reste bien à 90 %, mais la ligne visible sur le bulletin paraît étrangement faible.
Le calcul porte sur le brut, pas sur le net. Or les indemnités journalières supportent la CSG et la CRDS, alors qu’un salaire supporte l’ensemble des cotisations : les deux revenus ne se transforment pas en net au même taux. Le montant réellement viré diffère donc du maintien théorique affiché.
La subrogation déplace le versement, pas le montant
Quand l’entreprise pratique la subrogation, elle encaisse directement les indemnités journalières à votre place et continue de vous payer à la date habituelle. Vous ne voyez qu’un seul virement, à échéance normale. La trésorerie personnelle est préservée, ce qui compte davantage que le montant final pour un arrêt maladie de plusieurs semaines.
Sans subrogation, deux flux vous parviennent séparément. La caisse verse ses indemnités tous les 14 jours, l’employeur son complément sur la paie mensuelle, et le décalage atteint facilement trois semaines sur le premier versement. Un simple retard de transmission de l’attestation de salaire par l’entreprise repousse encore l’échéance.
Les trois premiers jours restent à votre charge
La Sécurité sociale applique trois jours de carence à chaque arrêt maladie, y compris en cas de rechute quelques semaines plus tard. L’employeur, lui, n’intervient qu’au huitième jour. Entre le quatrième et le septième jour, vous ne percevez que les indemnités journalières, soit la moitié d’un salaire plafonné.
Le résultat surprend : sur un arrêt maladie de dix jours, seuls trois jours donnent lieu à un complément, et les trois premiers ne rapportent rien du tout. Certaines conventions couvrent cette carence, d’autres non. Les arrêts successifs pour affection de longue durée et les reprises de moins de 48 heures échappent au délai de carence de la caisse.
Les réflexes qui évitent de perdre le complément employeur
Les litiges naissent rarement d’un désaccord sur le barème. Ils viennent d’un volet envoyé trop tard, d’un formulaire non conforme ou d’une convention collective que personne n’a ouverte. Cinq points valent d’être vérifiés dès la remise de l’arrêt maladie.
- Envoi du volet destiné à l’employeur dans les 48 heures suivant la prescription
- Vérification du régime prévu par la convention collective avant tout calcul personnel
- Contrôle du formulaire cerfa sécurisé, seul modèle papier accepté par la caisse
- Lecture du relevé d’indemnités journalières adressé à chaque versement
- Conservation des bulletins de paie couvrant toute la période d’absence
Le formulaire mérite une attention particulière. Un arrêt maladie établi sur un ancien modèle papier, une photocopie ou un scan n’est plus recevable : la caisse peut rejeter le dossier, et sans indemnités journalières validées, le complément employeur tombe lui aussi. Un arrêt maladie transmis par téléservice par le médecin élimine ce risque.
Reste le cas d’une rupture du contrat pendant l’arrêt maladie. Les sommes dues au titre du maintien de salaire figurent alors sur le solde de tout compte, au même titre que les congés payés non pris. Un relevé de la caisse conservé de bout en bout constitue la meilleure preuve en cas de contestation devant le conseil de prud’hommes.
Sources
- Service Public — les indemnités journalières versées au salarié en arrêt maladie, 2026
- Code du travail numérique — le maintien de salaire par l’employeur en cas d’arrêt maladie, 2024
